在研究的过程中，林宇也没有忘记继续关注宇宙中那些因时空之门关闭而产生的异常现象。他担心，神秘舰队的出现与这些异常之间存在着某种关联。果然，随着研究的深入，他们发现神秘舰队的能量波动与引力场紊乱区域的能量波动存在着相似之处。

这一发现让林宇更加坚信，神秘舰队的背后一定隐藏着更深层次的阴谋。他决定再次前往引力场紊乱最严重的星系，寻找更多的线索。

当林宇的舰队再次抵达那个星系时，他们发现情况变得更加糟糕了。原本已经初步稳定的行星轨道再次出现了剧烈的变化，更多的星球陷入了灾难之中。林宇和队员们立即展开救援行动，同时开始对周围的环境进行详细的探测。

在探测过程中，他们发现了一个隐藏在一颗小行星背后的神秘基地。这个基地的建筑风格与神秘组织之前的据点极为相似，林宇立刻意识到，这里一定隐藏着重要的信息。

他带领着一支突击小队，小心翼翼地靠近神秘基地。当他们进入基地后，发现里面空无一人，但各种先进的设备还在运行着。在基地的核心区域，他们找到了一台巨大的计算机，里面存储着大量的数据。

经过一番努力，科研人员成功破解了这些数据。原来，这个基地是神秘组织用来进行引力操控实验的地方，而神秘舰队的出现，正是他们计划的一部分。神秘组织与一个来自未知宇宙区域的强大势力达成了合作，他们企图利用时空之门关闭后的宇宙混乱局势，通过操控引力和暗物质，彻底摧毁宇宙联盟，实现对整个宇宙的统治。

林宇得知这个消息后，心中充满了愤怒和担忧。他知道，时间紧迫，联盟必须尽快找到应对的方法。回到联盟总部后，他立即召开了紧急会议，向所有成员通报了这一惊人的消息。

会议室内，气氛凝重。各个星系的代表们纷纷发表意见，讨论如何应对这场前所未有的危机。经过长时间的讨论，最终决定，联盟一方面要继续加强科研力量，研发能够对抗神秘舰队和引力操控技术的武器和装备；另一方面，要联合宇宙中所有愿意反抗的势力，共同组成一个庞大的联盟，对抗神秘组织和神秘舰队。

在接下来的日子里，宇宙联盟进入了全面备战状态。科研团队日夜奋战，终于研发出了一种新型的能量武器，这种武器能够针对神秘舰队的能量护盾进行攻击，削弱其防御能力。同时，联合防御舰队也进行了大规模的扩编和训练，提高战斗能力。

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林宇亲自带领着一支先锋舰队，前往宇宙边缘，与神秘舰队对峙。当两支舰队遥遥相望时，紧张的气氛仿佛凝固了空气。林宇深知，这场战斗将决定宇宙的命运，他必须全力以赴。