与此同时，柯南和神秘人也赶到了城南。他们与警方和国际刑警组织的队员们会合后，开始小心翼翼地在废弃仓库区域展开搜索。这片区域很大，仓库众多，要找到神秘组织的据点并不容易。

经过一番仔细搜索，他们终于在一个偏僻的仓库内发现了神秘组织的踪迹。仓库大门紧闭，周围有几个黑衣人在巡逻。柯南等人悄悄靠近，准备发动突袭。

就在他们准备行动时，突然听到仓库内传来一阵争吵声。

“这个计划太冒险了，万一被警方发现，我们就全完了！”一个声音说道。

“怕什么，我们已经准备了这么久，不能半途而废。只要行动成功，我们就能获得巨额财富，到时候谁也奈何不了我们！”另一个声音反驳道。

柯南等人趁黑衣人争吵之际，迅速发动攻击。警方和国际刑警组织队员们如猛虎下山般冲向黑衣人，瞬间制服了大部分巡逻人员。

众人冲进仓库，只见仓库内摆放着各种电子设备和武器，中间有一个大型的干扰装置，正在进行最后的调试。

神秘组织的成员们看到柯南等人闯入，顿时惊慌失措。但他们很快反应过来，拿起武器与警方展开激烈对抗。

柯南在仓库内寻找神秘组织的首领，他知道只有抓住首领，才能彻底粉碎他们的阴谋。在混乱的战斗中，柯南发现一个身影正朝着仓库的后门逃窜。

“别想跑！”柯南喊道，追了上去。神秘人也注意到了那个逃跑的身影，立刻施展飞行魔法，从空中拦截。

神秘组织首领看到前后都被堵住，绝望地停下脚步。他恶狠狠地看着柯南和神秘人：“你们坏了我的好事，我不会放过你们的！”

柯南冷笑一声：“你已经没有机会了，乖乖束手就擒吧。”

就在这时，仓库内的干扰装置突然发出一阵强烈的电流声，似乎即将启动。原来，神秘组织的成员在临死前启动了装置。

“不好，这个装置一旦启动，周围的电子设备都会受到干扰，可能还会引发其他严重后果。”神秘人喊道。

柯南迅速冲向干扰装置，试图找到关闭的方法。然而，装置的控制面板十分复杂，而且设置了多重密码。

灰原哀此时也赶到了仓库，她立刻加入到破解密码的工作中。在柯南和灰原哀的共同努力下，终于在装置启动的最后一刻，成功关闭了它。

神秘组织的阴谋再次被挫败，首领和成员们都被警方抓获。但柯南知道，这只是一个开始，黑衣组织的余党和其他隐藏的黑暗势力依然存在，他们的战斗还将继续......